Desde setembro de 2021, Pernambuco conta com duas microrregiões de saneamento: a MRAE-I Sertão e a MRA-II RMR–Pajeú. Estabelecidas a partir da Lei Complementar nº 455/21, em consonância ao Marco Legal do Saneamento (Lei Federal 14.026/20), elas são autarquias interfederativas, que, dentre outras atribuições, conduzem as decisões relativas a prestação de serviços de saneamento das cidades pernambucanas. São, portanto, organismos que auxiliam os municípios no cumprimento da meta imposta pelo Marco, de alcançar, até o ano de 2033, o percentual de 99% da população brasileira com acesso a água potável e 90% com coleta e tratamento de esgoto.
O estado tem hoje 96,14% de índice de atendimento de água e 31,27% em atendimento de esgoto, segundo dados do SNIS – Sistema Nacional de Informações sobre Saneamento. O agrupamento dos municípios em microrregiões visa ampliar estes percentuais, porque assegura igualdade dos serviços de abastecimento de água e de esgotamento sanitário para os municípios pequenos e os grandes, na medida em que as prefeituras com menor orçamento são beneficiadas pelos mesmos contratos que as que têm maior capacidade financeira. Isto porque as decisões são tomadas em bloco, com o objetivo de que todas as cidades tenham poder de voto e de decisão quanto aos investimentos em serviços de água e esgoto.
A Microrregião de Água e Esgoto I Sertão é composta por 24 municípios dos sertões central, do Araripe e do São Francisco, sendo o principal deles Petrolina. E a Microrregião de Água e Esgoto II RMR-Pajeú engloba os demais 160 municípios e o Distrito Estadual de Fernando de Noronha, incluindo toda a Região Metropolitana do Recife, Agreste e parte do Sertão. Cada bloco tem a missão de organizar, planejar e executar as ações de interesse comum, seja com relação à prestação direta ou contratada dos serviços de saneamento.
Em seu organograma, cada MRAE tem como prerrogativa de governança a eleição de um Colegiado Microrregional; Comitê Técnico; Conselho Participativo e Secretaria Geral, sendo o colegiado o órgão máximo, formado pelos próprios prefeitos e presidido pela governadora. O Comitê Técnico é formado por três representantes do Governo do Estado e oito municipais e o Conselho Participativo está sendo estabelecido, com previsão de integrar representantes da sociedade civil, escolhidos pela Assembleia Legislativa de Pernambuco e pelo Colegiado Microrregional.